Прошёл год с начала войны между Шреддером и черепашками ниндзя, противоборства беспощадному злу чистого добра. Именно год назад четверо братьев взяли на себя тяжёлую ношу – защищать свой родной город Нью-Йорк и его жителей.
Мог ли Шреддер знать, что всё обернётся для него таким образом? Абсолютно нет. Поначалу черепахи казались ему жалким мифом, легендой, созданной для того, чтобы ослабить дух его клана. Теперь же эти мутанты были настоящей угрозой, ведь они раз за разом рушили грандиозные планы по порабощению этого, по мнению Саки, жалкого города. В голове Шреддера до сих пор не укладывалось это: какие-то рептилии сумели одолеть его великую армию воинов. Подумав, что весь секрет в мутагене, веществе, преобразивших обычных черепашек в некое антропоморфное создание, Ороку попробовал создать своих мутантов. Но на деле вышло куда хуже, чем он полагал, Бибоп и Рокстеди хоть и были сильными, но и их четверо братьев разнесли в пух и прах.
После своего грандиозного поражения Шреддер и его клан заметно притихли, что не могло не порадовать зелёных братьев. Получив возможность расслабиться и пожить в своё удовольствие, черепашки тут же ею воспользовались, позабыв о словах мастера Сплинтера, которые он произнёс, когда, казалось, что с Шреддером всё кончено: «Он вернётся. Всё только начинается, сыновья мои…». К сожалению, учитель редко ошибался.
Уже через несколько месяцев подростки поняли, что это было затишье перед бурей, а не последствия их маленькой победы над футами. На улицах они всё чаще стали замечать ниндзя, снующих по крышам и переулкам, явно старавшихся выследить черепах. Шреддер не сдался, он набирал союзников везде, где мог собрать. Преступные группировки, наёмники, футы,– все они получили задание притащить этих четверых живыми или мёртвыми к ногам Ороку Саки.